Folding @ home su gpu

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holer
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Folding @ home su gpu

Messaggio da holer »

vi ricordo che un anno fa abbiamo messo su una squadra di slacky (la 51670) per il calcolo distribuito del progetto Folding @ home dell' Universita' di Stanford per la ricerca sulle malattie genetiche.
In pratica si tratta di donare i tempi morti della cpu, le spiegazioni le trovate qui:

viewtopic.php?t=14740

i client sono per linux, playstation 3, mac e Windows

attualmente abbiamo una ventina di computer di utenti slacky che ci stanno lavorando.

siccome il tipo di elaborazioni che devono svolgere sono per certi versi assimilabili a quelli dei videogiochi 3d hanno sviluppato una versione del client che gira sulle gpu delle schede ati x1650 alla x1950.

Pensate che solo computer con questa gpu in base alle loro statistiche gli fornisce la potenza di circa 60 pc di media potenza col client per la cpu!

Io ho ordinato una ati x1950 agp 8x/4x, appena mi arriva la monto su un pc pentium III (tanto il processore dovrebbe essere ininfluente)
e lo lascio acceso 24 su 24 a elaborare.

Il client gpu purtroppo e' solo per windows, questo perche' la programmazione delle gpu e' molto difficoltosa e sempre per questo motivo il numero delle schede supportate e' ristretto, si sono concentrati sulle schede piu' adatte ai loro scopi e al sistema operativo piu' diffuso. le schede nvidia non vanno bene per questi calcoli perche' hanno meno pixel shaders.

Le schede x1650 x1800 x1900 tc. non supportano le direct x 10 e quindi immagino che visto e considerato che sono usciti dei modelli nuovi presto caleranno di prezzo. Ora aspetto un po' e poi mi compro altre 4 schede agp e le monto su altrettanti pentium 3 che lascero' anche essi accesi fissi senza monitor e tastiera.

in sostanza:
Qualcuno di voi e' costretto suo malgrado a usare anche Windows e magari vuole installare il client gpu?

Anche installare il client linux su piu' macchine e' importante.Il pc deve essere almeno pentium 3, questo perche' il client usa le estensioni SSE e quindi fra un pentium 2 400 e un pentium 3 500 c'e' un abisso come prestazioni.

holer

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holer
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Messaggio da holer »

mi sono scordatodi dire che i risultati scientifici di folding @ home sono di pubblico dominio e non brevettati.

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anycolouryoulike
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Messaggio da anycolouryoulike »

Come faccio per unirmi a voi? Ho un Intel Dual Core Duo E6600 sempre all'1% e mi sembra sprecato...
Come GPU ho una X1600... ma anche se fosse stata una X1650 non avrei installato winzzozz...

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anycolouryoulike
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Messaggio da anycolouryoulike »

Fatto! :D
Non c'è un client SMP a 32 bit?

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holer
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Messaggio da holer »

neanche io voglio usare windows, mettero' su delle macchine apposite senza monitor con poca ram e un hard disk da 4 gb.

poi faccio la controprova su un pc nuovo e vedo se il resto del pc incide (credo di no)

e' importante continuare ad installare il client tradizionale perche' quello ati e quello playstation anche se molto piu' potenti non possono essere usati per tutti gli esperimenti, solo per una parte.

-------------------
allora...
questo e' il sito

http://folding.stanford.edu

qui puoi scaricare il client

http://folding.stanford.edu/download.html

ma e' meglio se utilizzi questo script automatico e relativa documentazione

http://fahwiki.net/index.php/A_Complete ... bies#Flags

quando la prima volta che lo esegui ti chiede il numero del team scrivi:
51670

le statistiche del nostro team sono qui

http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... mnum=51670

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holer
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Messaggio da holer »

mi sa che ci stanno lavorando...

fra qualche giorno guarda se risulti sulle statistiche
che nome utente hai?

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albatros
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Messaggio da albatros »

Pensate che solo computer con questa gpu in base alle loro statistiche gli fornisce la potenza di circa 60 pc di media potenza col client per la cpu!
E in effetti penso che nei prossimi anni ci sarà un notevole fermento verso questo tipo di utilizzo delle gpu, ovvero in sostanza penso che si svilupperanno molto architetture gpu-like per il calcolo ad alte prestazioni; pare che amd, dopo l'acquisto di ati, stia interessandosi a cpu-gpu integrate, mentre nvidia ha già in produzione gpu pensate per l'hpc:
http://www.nvidia.com/object/tesla_gpu_processor.html
Nel giro di qualche anno potenze di calcolo prima appannaggio solo di pochi enti di ricerca e di grandi aziende/agenzie saranno rese disponibili a costi contenuti anche al grande pubblico, come è del resto sempre avvenuto, solo che ci sarà un periodo di forte accelerazione di questo processo. 8) :)

Night_Watch
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Messaggio da Night_Watch »

Anch'io mi sono unito ma non risulto nella squadra. Forse bisogna aspettare che aggiornino perchè anche se faccio la ricerca del mio nick dice che non esiste.

Domanda: ma se uso due PC posso usare lo stesso nick?? Risulta che uso 2 CPU??

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danix
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Messaggio da danix »

io ci sono pure... :D

user "slackydanix"... vediamo quando aggiornano la pagina...
Bel progetto davvero... non ne sapevo nulla...

Ciau...
danix
danix ha scritto:non sono molto presente sul forum, e di ciò mi scuso con tutti

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Messaggio da anycolouryoulike »

Ora sto installando lo script:

Codice: Seleziona tutto

Do You want to use automatic MachineID changing (y/n)?:
Cosa devo rispondere?

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holer
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Messaggio da holer »

installare il client su diverse macchine con lo stesso nickname va bene.

Il programma quando lo installi genera casualmente un codice identicativo del computer.
quindi non bisogna mai installarlo su un pc e poi copiare la directory sugli altri pc.

-------

per quanto riguarda l' evoluzione delle gpu ho visto dei video promozionali delle schede tesla dell' nvidia per applicazioni scientifiche.
Con queste schede a parita' di soldi spesi gli scienziati saltano diverse generazioni della legge di moore.
Inoltre le gpu aumnetano di velocita ad un ritmo molto piu' sostenuto rispetto alle cpu.

La cosa divertente e' che enormi progressi della scienza e della medicina ci saranno grazie a tutte quelle persone che senza fare volontariato o roba del genere hanno dilapidato tutti i loro soldi in computer e console da utilizzare per starsene in casa a giocare a doom 3.
Acquistando milioni di console e schede accellerate hanno finanziato il progresso in questo settore.

col pc prima abbiamo potuto fare l' impaginazione tipografica in casa
poi aumenta la potenza e potevamo fare il montaggio video in casa
adesso molti scienziati potranno magari lavorare da soli in casa

holer

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Messaggio da anycolouryoulike »

E' normale questa lentezza? Circa venti minuti per ogni punto percentuale.

Codice: Seleziona tutto

[12:07:04] Completed 0 out of 1500000 steps  (0%)
[12:30:32] Writing local files
[12:30:32] Completed 15000 out of 1500000 steps  (1%)
[12:54:14] Writing local files
[12:54:14] Completed 30000 out of 1500000 steps  (2%)
La CPU non sta lavorando molto e la connessione non sta lavorando per niente!
holer ha scritto:fra qualche giorno guarda se risulti sulle statistiche
che nome utente hai?
Sempre anycolouryoulike, per adesso non risulto.

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danix
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Messaggio da danix »

a me la cpu sta fissa al 100%... anche se ancora non risulto, probabilmente non ho ancora finito una work unit...

PS.
Cosa usate per monitorare FAH?? conky, adesklets o altro??

Ciau
danix
danix ha scritto:non sono molto presente sul forum, e di ciò mi scuso con tutti

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Messaggio da anycolouryoulike »

danix85 ha scritto:a me la cpu sta fissa al 100%... anche se ancora non risulto, probabilmente non ho ancora finito una work unit...
Ma anche a te ti va a un punto percentuale ogni venti minuti?
E' possibile avviarlo come demone?

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albatros
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Messaggio da albatros »

[molto OT]
La cosa divertente e' che enormi progressi della scienza e della medicina ci saranno grazie a tutte quelle persone che senza fare volontariato o roba del genere hanno dilapidato tutti i loro soldi in computer e console da utilizzare per starsene in casa a giocare a doom 3.
Beh, sicuramente poter disporre di un buon mercato e di un largo uso commerciale dell'architettura delle gpu ha consentito di reperire ingenti fondi per finanziarne lo sviluppo e la progettazione di modelli più avanzati, quindi la tua affermazione ha un fondo di verità.
Però bisogna considerare quanto sia interconnesso lo sviluppo delle tecnologico e scientifico con l'economia e la società, per cui mi sembrerebbe esagerato attribuire più meriti a chi è stato in casa a giocare piuttosto che a fare volontariato rispetto ai fisici, agli ingegneri , ai matematici e agli informatici che hanno progettato quelle gpu o anche a chi ha semplicemente svolto con diligenza e onestà il lavoro di bidello per una vita intera, contribuendo anche lui al progresso materiale o spirituale della società secondo le sue possibilità (come dice anche l'art. 4 della nostra Costituzione).
Il volontariato non ha certo la pretesa di far progredire le conoscenze scientifiche, si limita a fornire un aiuto nell'immediato o impegna delle energie affinché altri possano sfruttare le proprie risorse.
Il progresso di una civiltà è legato a molteplici fattori in un equilibrio e in una catena di cause effetti estremamente complessi.
Ancora più paradossalmente e provocatoriamente si potrebbe affermare che senza la seconda guerra mondiale il computer e lo sviluppo della tecnologia nucleare anche a fini pacifici sarebbe stato molto più lento, così come sarebbe stato molto più lento lo sviluppo di tecnologie spaziali senza la guerra fredda.
Dal mondo delle corse automobilistiche sono venute fuori tecnologie utili per migliorare la sicurezza stradale, molti dei primi ccd si usavano (e si usano!) in ambito scientifico, ad esempio per fotometria astronomica, oggi sono alla base del fiorente mercato delle macchine fotografiche digitali.
E' difficile prevedere l'uso e l'importanza di una scoperta di oggi per futuro, così come a suo tempo a qualcuno sembravano inutili e con scarse applicazioni le scoperte di Thomson o anche le scoperte della fisica dei primi decenni del secolo scorso.
Per questo motivo ritengo miope chi considera di scarsa importanza finanziare la ricerca di base non finalizzata ad un immediato ritorno economico, così come ritengo sciocco giudicare inutili ai fini del progresso e del bene comune i settori dell'economia, apparentemente superficiali, che si occupano di intrattenimento (a patto che non istupidiscano la gente).
adesso molti scienziati potranno magari lavorare da soli in casa
Sicuramente si stanno creando le fondamenta per un nuovo tipo di scienza, in cui si possono costruire esperimenti simulandoli numericamente, una sorta di estensione dei Gedankenexperiment di Einstein, e fare scoperte osservando i risultati e l'evolversi della simulazione.
Stephen Wolfram, il creatore di mathematica, ha pubblicato non molto tempo fa un libro al riguardo.
E' un tipo di ricerca scientifica che personalmente mi attrae molto e che ritengo avrà in futuro un ruolo di primissimo piano nel nostro avanzamento delle conoscenze.
A parte che è comunque ipotizzabile che per i grandi progetti si continuino a costruire supercomputer, certamente molto più potenti, o che ci si affidi al calcolo distribuito come con seti o con folding at home, vorrei comunque contenere o quantomeno riequilibrare gli entusiasmi per questo nuovo modo di fare scienza.
Intanto i pc non elaborano teorie ed è con queste che la scienza va avanti: per sviluppare la teoria della relatività o dei quanti un pc sarebbe servito a ben poco.
Poi a volte ci sono fenomeni nuovi che non è detto possano emergere con la simulazione numerica, ma solo con l'osservazione, vedi la scoperta del dna o la relativamente recente scoperta dell'energia oscura, senza contare che nuovi comportamenti emersi dalle simulazioni numeriche dovranno alla fine essere sempre verificati sperimentalmente.
Proseguendo, senza nulla togliere all'importanza dei computer e dando il giusto peso a quanto siano appropriati gli esempi seguenti, vorrei ricordare che al centro di controllo a Houston durante le missioni lunari per i calcoli sfruttavano ancora i regoli calcolatori e che l'apollo 13 è comunque tornato a Terra, un paio di shuttle che i computer li avevano no, che Lev Landau faceva i suoi complessi calcoli a mano, che molti ponti romani sono ancora al loro posto, uno sul Mississippi no, e via dicendo.
Infine, riguardo al progetto genoma e alle speranze in esso riposte, se concordo anch'io sull'importanza di questi studi e della ricerca e della simulazione numerica della proprietà delle proteine e se non posso anch'io che sperare che si producano scoperte e risultati utili in tempi brevi, nondimeno ho la fortissima impressione, sulla base degli articoli a livello più o meno divulgativo che ho letto, che si sia ancora ben lontani dall'avere una piena comprensione dei meccanismi genetici e di organizzazione biologico-molecolare degli esseri viventi di una certa complessità, comprensione in cui la potenza di calcolo e la simulazione numerica potrà avere certo un ruolo fondamentale, ma sono convinto non da sola, soprattutto in assenza di una teoria coerente e strutturata (un "paradigma") dentro la quale organizzare e orientare le ricerche.

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